Publications

@conference{EVOBIO2010,

title = {Correlation-Based Scatter Search for Discovering Biclusters from Gene Expression Data},

author = {J. A. Nepomuceno and A. Troncoso and J. S. Aguilar-Ruiz},

url = {https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-12211-8_11},

year  = {2010},

date = {2010-01-01},

booktitle = {EvoBio 8th European Conference on Evolutionary Computation Machine Learning an Data Mining in Bioinformatics},

pages = {122-133},

series = {Lecture Notes in Computer Science},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}

@conference{SAC2010,

title = {Evolutionary Metaheuristic for Biclustering Based on Linear Correlations Among Genes},

author = {J. A. Nepomuceno and A. Troncoso and J. S. Aguilar-Ruiz},

url = {https://dl.acm.org/citation.cfm?id=1774329},

year  = {2010},

date = {2010-01-01},

booktitle = {SAC 25th Symposium on Applied Computing},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}

@conference{10.1007/978-3-642-16001-1_31b,

title = {Alpha Helix Prediction Based on Evolutionary Computation},

author = {A. E. Marquez-Chamorro and F. Divina and J. S. Aguilar-Ruiz and G. Asencio-Cortes},

editor = {Dijkstra, Tjeerd M. H. and Tsivtsivadze, Evgeni and Marchiori, Elena and Heskes, Tom},

isbn = {978-3-642-16001-1},

year  = {2010},

date = {2010-01-01},

booktitle = {Pattern Recognition in Bioinformatics},

pages = {358-367},

abstract = {Multiple approaches have been developed in order to predict the protein secondary structure. In this paper, we propose an approach to such a problem based on evolutionary computation. The proposed approach considers various amino acids properties in order to predict the secondary structure of a protein. In particular, we will consider the hydrophobicity, the polarity and the charge of amino acids. In this study, we focus on predicting a particular kind of secondary structure: $alpha$-helices. The results of our proposal will be a set of rules that will identify the beginning or the end of such a structure.},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}

@conference{ref3b,

title = {Importancia de las Propiedades Fisico-Quimicas de los Aminoacidos en la Prediccion de Estructuras de Proteinas usando Vecinos mas Cercanos},

author = {G. Asencio-Cortes and J. S. Aguilar-Ruiz},

year  = {2010},

date = {2010-01-01},

booktitle = {XV Congreso Español sobre Tecnologias y Logica Fuzzy, ISBN: 978-84-92944-02-6.},

pages = {pp. 459-464},

abstract = {La prediccion de estructuras de proteinas es actualmente un importante campo de investigacion dentro de la bioinformatica. En esta area, existen numerosos estudios realizados en los que se ha usado la informacion de la separacion entre los aminoacidos de una cadena para predecir la estructura de las proteinas, utilizandose en otros trabajos ciertas propiedades fisico-quimicas de aminoacidos. En este trabajo se han usado ambas informaciones y se ha estudiado como influyen en la prediccion de estructuras de proteinas empleando el algoritmo de vecinos mas cercanos. Hemos comprobado que la informacion proporcionada por las propiedades fisico-quimicas es de mayor interes que la separacion, obteniendose mejores tasas de acierto. Se han realizado cuatro experimentos en los que se ha usado como atributos, la separacion entre aminoacidos y un conjunto determinado de propiedades fisico-quimicas de los mismos y, como ejemplos, todas las subsecuencias posibles encontradas en un conjunto de mas de 5000 proteinas reales. Finalmente se demuestra empiricamente que la separacion entre aminoacidos, ampliamente usada en la literatura, puede ser reemplazada por propiedades fisico-quimicas de amino-acidos, produciendo mejores predicciones. La tasa de acierto conseguida usando solo la separacion esta en torno al 59%, ascendiendo este valor hasta el 79% al usarse un conjunto de propiedades fisico-quimicas de aminoacidos.},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}

@conference{ISDA2009,

title = {An Overlapping Control-Biclustering Algorithm from Gene Expression Data},

author = {J. A. Nepomuceno and A. Troncoso and J. S. Aguilar-Ruiz},

url = {https://ieeexplore.ieee.org/document/5364131},

year  = {2009},

date = {2009-01-01},

booktitle = {ISDA 9th International Conference on Intelligent Systems Design and Applications},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}

@conference{PRIB2009,

title = {A Hybrid Metaheuristic for Biclustering Based on Sccater Search and Genetic Algorithms},

author = {J. A. Nepomuceno and A. Troncoso and J. S. Aguilar-Ruiz},

url = {https://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-04031-3_18},

year  = {2009},

date = {2009-01-01},

booktitle = {PRIB 4th International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics},

pages = {199-210},

series = {Lecture Notes in Bioinformatics},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}

@conference{ref4b,

title = {Prediccion de Estructuras de Proteinas mediante Vecinos mas Cercanos usando Caracteristicas Inherentes a los Aminoacidos},

author = {G. Asencio-Cortes and J. S. Aguilar-Ruiz},

year  = {2009},

date = {2009-01-01},

booktitle = {II Workshop Español sobre Extraccion y Validacion de Conocimientos en Base de Datos Biomedicas},

pages = {1-10},

abstract = {En este trabajo se ha estudiado como influye la separacion 

entre aminoacidos de una proteína y ciertas características inherentes a 

su naturaleza en la prediccion de estructuras de proteínas mediante un 

algoritmo de vecinos mas cercanos. En el proceso de prediccion se han 

generado todas las subsecuencias posibles de aminoacidos procedentes 

de un conjunto de proteínas reales. Se demuestra empíricamente que la 

separacion entre aminoacidos produce peores predicciones que las propiedades 

naturales inherentes a los mismos. Esto plantea la hipotesis de 

que la informacion que suministra dicha separacion se encuentra implícita 

en la informacion proporcionada por las propiedades físico-químicas, 

ya que se han obtenido iguales resultados tanto en presencia como en 

ausencia del atributo separacion.},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}

@conference{escudero2008,

title = {Classification of gene expression using Expectation Maximization},

author = {C. Rubio-Escudero and F. Martínez-Álvarez and R. Romero-Záliz and I. Zwir},

url = {https://ieeexplore.ieee.org/document/4626734},

year  = {2008},

date = {2008-01-01},

booktitle = {IEEE International Conference on Hybrid Intelligent Systems (HIS'08)},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}

@conference{MAEB2007,

title = {Patrones en Biclusters Usando Técnicas de Optimización sin Restricciones},

author = {J. A. Nepomuceno and A. Troncoso and J. S. Aguilar-Ruiz},

year  = {2007},

date = {2007-01-01},

booktitle = {MAEB Congreso Español sobre Metaheurísticas, Algoritmos Evolutivos y Bioinspirados},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}

@conference{IDEAL2007a,

title = {Biclusters Evaluation Based on Shifting and Scaling Patterns},

author = {J. A. Nepomuceno and A. Troncoso and J. S. Aguilar-Ruiz and J. García-Gutierrez},

url = {https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-77226-2_84},

year  = {2007},

date = {2007-01-01},

booktitle = {IDEAL Intelligent Data Engineering and Automated Learning},

pages = {840-849},

series = {Lecture Notes in Computer Science},

keywords = {bioinformatics},

pubstate = {published},

tppubtype = {conference}

}